肉鸡设备养鸡自然界存在大量有害微生物。孵化厂的废弃物、蛋壳、绒毛等，加上孵化时的温、湿度条件，又是其繁殖生长的良好环境，若不注意对孵化厂环境、孵化器具及种蛋的严格消毒，一旦疫病流行，将会带来灾难性后果。
肉鸡设备厂家建议孵化厂环境应坚持每周1次消毒。常用的消毒药品有：烧碱、新洁尔灭等，使用浓度分别为1%,0.3%-0.5%,5%。将消毒药品按上述使用浓度对水喷洒。孵化厂应保持清洁。孵化厂严禁非工作人员人内，工作人员进人孵化厂也应经严格消毒、更衣后方可人内。
孵化器的消毒多采用甲醛熏蒸。一般每立方米空间用42毫升甲醛溶液加21克高锰酸钾，在温度20一2490，相对湿度70%一80%的条件下，密闭熏蒸30分钟左右。
种蛋的消毒从鸡体产出后越早越好，但生产上常采用一次集蛋后集中消毒。消毒的方法和使用的消毒药很多，但常用的是用甲醛熏蒸。用量为每立方米空间甲醛28毫升、高锰酸钾14克，熏蒸20一30分钟。应特别注意的是：孵化24-%小时的种蛋，其胚胎对甲醛非常敏感，此时千万不要使用甲醛熏蒸，若有必要消毒，可换为其他消毒药品。
刚人孵和落盘后都应对孵化器及种蛋进行消毒，其方法和甲醛的用量基本同于对种蛋的消毒。应注意的是落盘后使用甲醛熏蒸的时间要短一些，一般10一15分钟即可。
甲醛气体对动物的黏膜有强烈的刺激性，使用时应注意自身的保护。每次消毒后应迅速排除孵化器、种蛋库内的甲醛气体。一些孵化厂曾尝试过对刚出壳的雏鸡进行甲醛熏蒸，以控制马立克氏病和鸡白痢。生产实践证明，养鸡设备养鸡这种方法因甲醛浓度和熏蒸环境条件不易控制，稍有不慎，将导致雏鸡失明，故不宜提倡使用。
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